天台宗湖東三山　釈迦山　百済寺

本堂は室町時代の明応7年（1498）に火災にあい、文亀3年（1503）に兵火をうけ、さらに織田信長によって天正元年（1573）全山焼失しました。
　その後天正12年に堀秀政により仮本堂が建立。
　のち天海僧正の高弟亮算が入寺し、堂舎再興の勅許を得て諸国に勧進し、江戸時代の慶安3年（1650）現在の本堂が竣工。
　かつての本堂は現在より少し山手の広大な台地に、金堂と五重の塔がありました。
　現在の本堂は、一重、五間六間、入母屋造で正面中央に軒唐破風が付せられております。
　金剛輪寺・西明寺の本堂よりもひとまわり小さいですが、天台形式の構造をもった均整のとれた建造物で、平成16年12月に文化庁より重要文化財の指定を受けました。
　なお、外部の総高欄の擬宝珠に「百済寺本堂　慶安５年壬辰３月吉日」の刻銘があり、そのときにすべて完成したことを知ることができます。
　内部に外陣と内陣とに引違格子戸を用い、内陣の厨子には、秘仏本尊の2.6ｍもある巨像の十一面観音立像（奈良時代）を安置しております。

この庭は東の山を借景に山腹を利用し、大きな池と変化に富む巨岩を配した豪華な池泉廻遊式ならびに観賞式の庭園で現代鈍穴流どんけつりゅうの作法で作庭されています。
　とくに聖徳太子の願文に「一宿を経るの輩は必ず一浄土に生る」とありますが、これにちなんでこの庭も東の山には弥陀観音勢至の三尊をはじめ各菩薩に見たてて石を配しております。
　これらの巨石は旧本坊庭園とさらに百済寺山内の谷川から集められたものを組み合せて作庭されました。また、庭内には中世の石造品の残欠も多く見られます。
本坊庭園は別名「天下遠望の名園」と称されており、西方の借景は琵琶湖をかすめて、55km先の比叡山で、広大なパノラマ展望を望めます。さらに西方、880km先には、往時の「百済国」がありました。
　百済からの渡来人が母国を偲ぶ気持ちで「遠望台」に立つ時、両国の深い交流関係が蘇ってきます。